Ciclo de talleres de biología molecular

Ciclo de talleres de biología molecular (23 junio-21 julio 2021)

La biología molecular resulta una técnica casi imprescindible para estudios taxonómicos profundos en hongos. Sin embargo, el empleo de técnicas moleculares requiere una formación previa que no está al alcance de todos los micólogos. Mediante este ciclo de talleres pretendemos impartir nociones básicas de biología molecular que permita un aprendizaje posterior de manera autónoma. Los talleres mostrarán cómo limpiar cromatogramas, realizar consensos, búsquedas mediante Blast (Basic Local Alignment Search Tool), alineamientos, análisis filogenéticos preliminares,  edición de árboles filogenéticos, además de cómo depositar secuencias en GenBank. Se utilizará programas que pueden descargarse de manera gratuita por el usuario. Los talleres serán impartidos a través de la plataforma Zoom y tendrán una duración de 1:30-2:00 aproximadamente. Las primeras dos sesiones serán abiertas y será necesario inscribirse  en ambas (inscripción 23 de junio, inscripción 30 de junio). La participación en las sesiones posteriores será exclusivamente para socios de la SIM.

El programa más detallado es el siguiente:

 

El estudio de los hongos mediante el ADN (inscríbete aquí)
23 de junio (19:00 h). Dr. Ibai Olariaga Ibarguren (Universidad Rey Juan Carlos)

La incorporación del ADN al estudio de los hongos ha supuesto una revolución en el estudio de los hongos. La secuenciación de regiones de ADN es una herramienta accesible para los micólogos, quienes utilizamos, cada vez de manera más frecuente, secuencias de ADN para estudios micológicos. Sin embargo, para una correcta interpretación de los resultados basados en secuencias moleculares resulta necesario poseer conocimientos previos acerca del sentido biológico del ADN. En esta sesión introductoria se pretende explicar de manera divulgativa y sencilla qué es el ADN y qué tipo de cuestiones se pueden abordar mediante su análisis. Se repasarán, por tanto, conceptos que serán de utilidad para seguir el resto de sesiones del ciclo de talleres.

 

 

 

 

 

 

 

Limpieza de cromatogramas y consensos (inscríbete aquí)
30 de junio (19:00 h). Dr. Isaac Garrido Benavent (Universitat de València)
El primer paso tras el envío de los productos de PCR al servicio de secuenciación es la recepción de una secuencia de ADN. En concreto, recibimos un electroferograma en formato. ab1 que debemos visualizar y editar para obtener una secuencia fiable en un formato utilizable (por ejemplo, FASTA) que ya podremos usar durante el procesado posterior del conjunto de datos. La edición de dichos electroferogramas incumbe la detección de ambigüedades, como los dobles picos y las dobles bandas, que son muy comunes tras la secuenciación de muchos hongos, mientras que los extremos inicial y final de los electroferogramas suelen mostrar una calidad deficiente, por lo que deben ser recortados. Asimismo, si disponemos de las dos lecturas de la secuencia («forward» y «reverse») necesitaremos obtener un consenso. Todos estos aspectos de la edición de secuencias se abordarán con programas bioinformáticos gratuitos.

 

 

 

 

 

 

Búsquedas BLAST y alineamientos
7 de julio (19:00 h). Dr. Juan Carlos Zamora Señoret (Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève, Suiza)

Una vez tenemos nuestras secuencias de ADN con su información debidamente editada, podemos empezar a analizarlas.

Un primer y sencillo paso consiste en comparar nuestra secuencia de forma on-line con todas las secuencias públicas de las principales bases de datos, y en particular con la base de datos del NCBI (National Center for Biotechnology Information) llamada GenBank. Aprenderemos a realizar estas búsquedas y a interpretar sus resultados, así como a conocer parte de su potencial y limitaciones.

También aprenderemos a buscar secuencias de interés en GenBank, descargarlas y compararlas de forma local. El primer paso, y uno de los más importantes en el análisis de las secuencias, es construir una matriz con los datos, que llamamos alineamiento. Estudiaremos el significado de esta matriz, qué información nos aporta, cómo realizar alineamientos automáticos y manuales, y usaremos programas bioinformáticos gratuitos para visualizar y editar dichos alineamientos.

 

 

 

Análisis filogenéticos y edición de árboles
14 de julio (19:00 h). Dra. María Prieto Álvaro (Universidad Rey Juan Carlos)

En este taller abordaremos los siguiente temas que permitirán a los asistentes realizar e interpretar análisis filogenéticos:

1.-Inferencia filogenética: método de máxima verosimilitud.
2.-Modelos de evolución.
3.-Soporte estadístico: cálculo de bootstrap.
4.-Prácticas mediante el programa IQ-Tree.
5.-Interpretación de resultados: árboles filogenéticos.
6.-Edición de árboles filogenéticos.

 

 

 

 

 

Publicación de secuencias de ADN en GenBank
21 de julio (19:00 h). Dr. Ibai Olariaga Ibarguren (Universidad Rey Juan Carlos)

Depositar secuencias de ADN es de alta importancia para el avance de la ciencia, además de servir para que investigadores o micólogos de todo el mundo reconozcan nuestro trabajo. En este último taller mostrará en pantalla los pasos necesarios para publicar nuestras secuencias en GenBank. Se utilizarán las plataformas de GenBank y BankIt para enviar tanto secuencias de genes ribosómico nucleares (nrITS, nrLSU, nrSSU) como de genes que codifican a proteínas.