Ciclo de workshops de biologia molecular aplicada à taxonomia de fungos (23 junho-21 julho 2021)
As técnicas da biologia molecular são hoje essenciais nos estudos taxonómicos em fungos. No entanto, o uso das técnicas moleculares requer um conhecimento prévio que não está ao alcance de todos os micólogos. Através desta série de workshops pretendemos transmitir as noções básicas de biologia molecular que permitam a aprendizagem autónoma. Os participantes aprenderão a analisar e limpar cromatogramas, obter sequências consenso, fazer pesquisas Blast (Basic Local Alignment Search Tool), alinhamentos, fazer a análise filogenética preliminar, editar árvores filogenéticas, bem como depositar sequências no GenBank. Os programas usados estão disponíveis gratuitamente e podem ser descarregados pelo utilizador. As sessões decorrerão na plataforma Zoom e terão uma duração aproximada de 1h30 a 2h. As duas primeiras sessões serão abertas e gratuitas, enquanto para a participação nas sessões 3, 4 e 5, será necessário ser sócio (taxa de inscrição € 45, taxa normal € 30) ou pagar uma taxa de € 30 (não membros). Será necessário se inscrever com antecedência para todas as sessões (inscrição 23 de junho, inscrição 30 de junho, inscrição 7 de julio, inscrição 14 de julio, inscrição 21 de julio).
A taxa de acesso às sessões 3, 4 e 5 será de 30 €, que deverá ser inserida na conta à ordem do SIM (ES93 2085 8017 5803 3034 7032), com o assunto: Curso Molecular-Nome-apelido.
Programa:
Sessão 1. O estudo dos fungos através do DNA (Inscreva-se aqui)
23 de junho (19:00 h). Dr. Ibai Olariaga Ibarguren (Universidad Rey Juan Carlos)
A incorporação da análise do DNA no estudo dos fungos levou a uma revolução na micologia. A sequenciação de regiões de DNA é uma ferramenta cada vez mais acessível e de uso crescente pelos micólogos nos seus estudos. No entanto, para uma correta interpretação dos resultados com base nas sequências moleculares, é necessário um conhecimento prévio sobre o significado biológico do DNA. Esta sessão introdutória tem como objetivo explicar de uma forma informativa e simples o que é o DNA e que tipos de questões podem ser abordadas através da sua análise. Serão, assim, abordados conceitos que serão utilizados nas sessões seguintes.
Sessão 2. Limpeza e consenso do cromatograma (Inscreva-se aqui)
30 de junho (19:00 h). Dr. Isaac Garrido Benavent (Universitat de València)
Sessão 3. Pesquisas BLAST e alinhamentos (Inscreva-se aqui)
7 de julho (19:00 h). Dr. Juan Carlos Zamora Señoret (Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève, Suiza)
Assim que tivermos as nossas sequências de DNA devidamente editadas podemos começar a analisá-las.
Um primeiro e simples passo consiste em comparar a nossa sequência com todas as sequências públicas das bases de dados principais e, em particular, com a base de dados NCBI (National Center for Biotechnology Information) denominada GenBank. Aprenderemos a fazer essas pesquisas online e a interpretar os resultados, bem como a conhecer parte de suas potencialidades e limitações. Também aprenderemos a pesquisar sequências de interesse no GenBank, descarregá-las e compará-las localmente. A primeira etapa, e uma das mais importantes na análise de sequências, é construir uma matriz com os dados, a que chamamos alinhamento. Estudaremos o significado desta matriz, as informações que nos fornece e como realizar alinhamentos automáticos e manuais, utilizando programas bioinformáticos gratuitos.
Sessão 4. Análises filogenéticas e edição de árvores filogenéticas (Inscreva-se aqui)
14 de julho (19:00 h). Dra. María Prieto Álvaro (Universidad Rey Juan Carlos)
Nesta sessão iremos abordar os seguintes tópicos que permitirão aos participantes realizar e interpretar análises filogenéticas:
1.-Inferência filogenética: método de máxima verossimilhança.
2.-Modelos de evolução.
3.-Apoio estatístico: cálculo de bootstrap.
4.-Práticas através do programa IQ-tree.
5.-Interpretação de resultados: árvores filogenéticas.
6.-Edição de árvores filogenéticas.
Sessão 5. Publicação de sequências de DNA no GenBank
21 de julho (19:00 h). Dr. Ibai Olariaga Ibarguren (Universidad Rey Juan Carlos)
Depositar as sequências de DNA é de grande importância para o avanço da ciência, além de servir para que investigadores ou micologistas de todo o mundo reconheçam o nosso trabalho. Nesta última sessão, serão demonstrados os passos necessários para publicar as nossas sequências no GenBank. Serão usadas as plataformas do GenBank e BankIt para depositar sequências de genes ribossómicos nucleares (nrITS, nrLSU, nrSSU) bem como genes que codificam proteínas.